De Algemene Ledenvergadering (ALV) is het hoogste orgaan binnen de NBVT. De ALV vindt twee keer per jaar plaats, in het voor- en in het najaar.
De organisatiestructuur van de NBVT is als volgt ingericht: Het Hoofdbestuur bestaat uit vertegenwoordigers van elke sectie en een landelijk voorzitter. Deze bestuurssamenstelling waarborgt een optimale wisselwerking tussen het bestuur van de vereniging en de leden. Het Hoofdbestuur heeft een aantal taken gedelegeerd aan speciale commissies.
Ook de secties zijn een onderdeel van de organisatiestructuur. Er kunnen afzonderlijke secties worden gevormd door NBVT-leden die zich toeleggen op het vervaardigen van specifieke producten of specifieke productgroepen. Secties hebben een eigen bestuur en eventueel eigen statuten. Op dit moment zijn er vijf secties: Binnendeuren, Buitendeuren, Houtbouwsystemen, Kozijnen en Trappen. Daarnaast verenigen jonge ondernemers zich in Jong Management.